1、無機氮類化合物

1）主要是游離氨（FA）：游離氨的抑制作用對2類硝化細菌是不同的,對亞硝酸菌，F(xiàn) A的抑制質(zhì)量度范圍是10一150 mg / L ,而對硝酸菌, 這個范圍僅僅為0.1一1.0 mg / L。

2）游離態(tài)的亞硝酸：在水中亞硝酸根以游離態(tài)和離子態(tài)兩種形式存在。游離態(tài)的亞硝酸是硝化細菌的主要基質(zhì)，同時也是亞硝酸鹽氧化菌的抑制劑。游離態(tài)的亞硝酸對氨氧化細菌、亞硝酸鹽氧化菌的生長、繁殖均具有一定的毒性，游離態(tài)的亞硝酸對亞硝酸細菌的抑制濃度為0.06 mgN/ L，對硝酸細菌也有抑制作用，抑制濃度為2.8mgN/ L。相對于亞硝化細菌，硝化細菌有更強的適應性。

2、消毒劑

1）氯酸鹽：開始抑制濃度（以氯酸鉀為例）約為0. 001一0. 01mmol/ L （約為0.1225-1.225mg/L）；完全抑制濃度以ClO3-濃度計為1一10mmo l/ L 時, 硝化菌被完全抑制。

2）亞氯酸鹽：亞氯酸鹽濃度為 3 mmol/ L 時 , 硝酸菌能完全被抑制。

3）（重）金屬類

當水中受到Cr、Cd、Cu、Zn、Pb、Ag、As等重金屬污染過高時，硝化作用會受到抑制，其原因可能是重金屬對硝化過程中的酶活性產(chǎn)生影響，從而影響硝化細菌的轉(zhuǎn)錄等正常的生理過程，導致硝化菌硝化效率下降甚至死亡。

有學者Hg 主要表現(xiàn)為抑制生物大分子如蛋白質(zhì)和核酸的合成, 致突變效應, 停止細胞分裂, 抑制生物氧化及運動性。Pb可造成細胞膜損傷, 破壞營養(yǎng)物質(zhì)的運輸。Cd 致突變效應, 導致DNA 鏈斷裂。高濃度Mn干擾細胞對 Mg（Ⅱ）的運輸。銅離子螯合巰基，干擾細胞蛋白質(zhì)或酶的結(jié)合；六價鉻通過細胞膜的硫酸鹽通道進入細胞，細胞質(zhì)內(nèi)六價鉻還原成三價鉻時產(chǎn)生的氧化應激，造成蛋白質(zhì)和 DNA 損傷。部分重金屬對硝化的抑制作用效果大致如下：EC50：半數(shù)效應濃度，引起受試對象50%個體產(chǎn)生一種特定效應的藥物劑量。

IC50:半數(shù)抑制濃度，一種藥物能將細胞生長、病毒復制等抑制50%所需的濃度。

4、苯酚

苯酚對硝化有抑制作用 , 該抑制屬非競爭性抑制, 是可逆的。苯酚2,4-二氯酚共存時產(chǎn)生疊加抑制效應。多位學者研究均表明，苯酚對硝化反應的半數(shù)抑制率，即IC50約為20mg/L。

5、硝化抑制劑

在農(nóng)業(yè)上，通常會在氮肥中施加硝化抑制劑，以抑制肥料中的氮元素硝化損失肥效，這些硝化抑制劑對硝化過程均有明顯的抑制作用，主要有：ATC（4-氨基-1,2,4-三唑）、疊氮化鉀、2-氯-6-（三氯甲基）吡啶、2-氨基-4-氯-9-甲基吡啶、磺胺噻唑、雙氰胺、硫脲-N-2，5-二氯苯丁二酰胺、4-氨基-1，2，3-三唑鹽酸鹽、脒基硫脲等。

這些物質(zhì)一般屬于含硫化合物、N雜環(huán)化合物、雙氰胺類化合物。這些物質(zhì)由于其本身特殊的化學結(jié)構(gòu)，在硝化過程中影響氨單加氧酶(AMO)的氧化過程，從而會對硝化過程產(chǎn)生影響。在農(nóng)業(yè)上一般使用這些硝化抑制劑時，投加量約為總氮量的0.1%—1%，就可以對硝化過程產(chǎn)生明顯的抑制作用。